In der Trägerschaft des Vereins Nachbarschaftshilfe Affoltern sind die evang.ref. Kirchgemeinde Zürich-Affoltern, der kath. Pfarrei St. Katharina Zürich-Affoltern, der kath. Pfarrei Allerheiligen Zürich-Affoltern und Privatpersonen aus dem Quartier Zürich-Affoltern.

Die Aufgabe der strategischen Führung übernimmt der Vereinsvorstand, das oberste Organ des Vereins ist die Mitgliederversammlung mit den Vereinsmitgliedern.

Der Verein Nachbarschaftshilfe Affoltern ist konfessionell neutral und steuerbefreit.